国家实验室（1个）：

南京微结构国家实验室（筹） 　　

国家重点实验室（6个）：

固体微结构物理国家重点实验室

现代配位化学国家重点实验室

计算机软件新技术国家重点实验室

内生金属矿床成矿机制研究国家重点实验室

医药生物技术国家重点实验室

污染控制与资源化研究国家重点实验室（与同济大学合建） 　　

教育部重点实验室（8个）：

海岸与海岛开发教育部重点实验室

中尺度灾害性天气教育部重点实验室

介观化学教育部重点实验室

生命分析化学教育部重点实验室

高性能高分子材料实验室

近代声学教育部重点实验室

现代天文与天体物理教育部重点实验室（筹）

模式动物与疾病研究教育部重点实验室（筹） 　　

国家工程技术研究中心（1个）：

国家有机毒物污染控制与资源化工程技术研究中心　 　　

教育部工程中心（2个）：

蛋白质与多肽新药教育部工程中心

水处理与水环境修复教育部工程中心