国家重点实验室：

河口海岸学国家重点实验室

精密光谱科学与技术国家重点实验室

国家野外科学观测研究站：

浙江天童森林生态系统国家野外科学观测研究站

教育部重点实验室：

脑功能基因组学教育部重点实验室

地理信息科学教育部重点实验室

极化材料与器件教育部重点实验室（筹）

言语听觉科学教育部重点实验室（筹）

教育部工程研究中心：

纳光电集成与先进装备教育部工程研究中心(筹）

软硬件协同设计技术与应用教育部工程研究中心（筹）

上海市重点实验室：

上海市脑功能基因组学重点实验室

上海市绿色化学与化工过程绿色化重点实验室

上海市城市化生态过程与生态恢复重点实验室

上海市磁共振重点实验室

上海市高可信计算重点实验室（筹）

上海市工程技术研究中心：

上海分子治疗与新药创制工程技术研究中心

教育部人文社会科学重点研究基地：

课程与教学研究所

中国现代思想文化研究所

俄罗斯研究中心

中国文字研究与应用中心

基础教育改革与发展研究所

中国现代城市研究中心