云南中医药大学成立于1960年，是全国第二批成立的中医药院校之一，前身是成立于1953年的昆明中医进修学校。

1951年经昆明市卫生局批准开办昆明中医进修班。

1953年3月，在昆明中医进修班基础上，经上级批准，成立昆明中医进修学校，专门承办中医进修班。校址位于昆明市景星街110号，校长由昆明市卫生局副局长王之翰兼任。同年，昆明中医进修学校划归云南省卫生厅领导，校址迁至昆明市三合营原13号。

1957年1月校址从昆明市三合营13号又迁至昆明高峣办学，上级任命省卫生厅厅长王天顺兼任校长。同年增设 “中医师资班”、“针灸师资训练班”、“中药调剂班”、“麻风防治干部训练班”和“卫生干部文化班”。

1958年7月1日昆明中医进修学校更名为云南省中医学校，校址迁至昆明市平政街41号，自此正式开办四年制中医中专班。同年再增设“保育训练班”和两年制“西医离职学习中医研究班”，在校学生总数达630人。王多海担任校长，吴佩衡担任副校长，后由吴佩衡担任校长，王多海任党总支书记兼副校长。

1960年5月，为贯彻党的卫生工作方针，落实党的中医政策，发掘、整理祖国中医药遗产，云南中医学院正式挂牌成立。吴佩衡任首任院长。

1962年初，由于国家处于经济困难时期，云南中医学院面临停办危机。时逢周总理到云南视察工作，在周恩来总理的关怀下，云南中医学院得以保留。

1964年2月，学校校址自昆明市平政街41号迁至白塔路6号（原昆明第一卫生学校校址），占地30亩。

“文化大革命”期间，学院和全国其他高校一样，办学受到严重影响，造成了不可估量的损失。“文革”后期，师生员工在极其艰难的条件下坚持办学， 1971年至1976年累计毕业三年制中医专业学生630人。

1987年9月12日，经上级批准，在昆明市官渡区关上镇双桥乡征地109亩，扩建学校。 　　 

1992年2月，中药系由白塔校区搬到关上校区办学，自此关上新校区正式启用。　　

1997年，学校承担中国“99昆明世界园艺博览会”药草园建设工作，该园是博览会设建的六大专题园区之一，为世界博览会之首创。1999年建成，得到江泽民总书记、李岚清副总理等党和国家领导人的高度评价，荣获“中国’99昆明世界园艺博览会”贡献奖。　　

1997年，学校党政部门全部搬到关上校区办公，自此关上校区成为校本部。　　

2005年，为适应中医药教育发展的需要，经上级批准，学校在呈贡新城雨花片区征地823.5亩进行校区建设，2008年9月10日，呈贡新校区一期工程建成并投入使用，首批1750余名师生正式入驻新校区。 　　

2009年3月1日，学院院本部全日制本专科生、研究生和留学生3 000余人及教职员工近600余人正式入驻呈贡新校区，成为第一家整体搬迁入驻呈贡新区的高校。从此，云南中医学院的历史又翻开了新的一页。

2010年5月，省委对学院党政领导班子主要负责同志职务进行了调整，新一届党政领导班子到任，杨建军同志任党委书记，李玛琳同志任校长。

2010年11月20日，学院在呈贡校区隆重庆祝建校50周年庆典活动。

2021年10月25日，我校参加了2021年国家中医药管理局国际合作司“中医药国际合作专项”项目投标，我校申报的“中国-老挝中医药中心”项目中标。这标志着我校“中国-老挝中医药中心”获批国家级海外中医药中心建设项目。

　　2022年，中国中医药联合研究生院获准成立，我校成为 10 家成员单位之一。

　　2022年2月，中共云南省委办公厅下发《中共云南省委办公厅、云南省人民政府办公厅关于命名第九届云南省文明村镇、第十六届云南省文明单位、第二届云南省文明家庭和文明校园的通报》（云办通【2022】7号），我校入选第二届云南省文明校园名单，正式获评云南省文明校园。

　　2022年4月21日，云南中医药大学与老挝卫生部传统医药研究院通过视频方式举行“中国-老挝中医药中心”项目合作谅解备忘录线上签约仪式。以此为标志，双方将全面启动在传统医药领域的联合医疗、医学研究、人才培养等方面的合作与交流。

　　2022年9月，学校召开干部大会，省委组织部领导宣布省委对学校党委主要领导和行政主要领导的任职决定，邱勇任校党委书记，丁中涛任校长。

　　2022年11月25日至27日，中国共产党云南中医药大学第一次党员代表大会在呈贡校区举行。这是学校更名为云南中医药大学后召开的第一次党员代表大会，也是学校深入学习贯彻党的二十大精神的一次十分重要的大会。邱勇同志代表中国共产党云南中医药大学委员会向大会所作的《担当中医药传承创新发展使命，为开创特色鲜明高水平中医药大学新局面而团结奋斗》的报告。大会明确了今后五年学校工作的总体思路，选举产生了新一届校党委和校纪委班子。今后五年学校工作的总体思路是：坚持以习近平新时代中国特色社会主义思想为指导，全面贯彻党的教育方针，全面贯彻新发展理念，紧紧围绕党的二十大和省第十一次党代会提出的奋斗目标，牢记为党育人、为国育才使命，落实立德树人根本任务，以推动高质量发展为主线，以培养德智体美劳全面发展的社会主义建设者和接班人为宗旨，以深化体制机制改革为动力，实施党建系统工程，促进中医药传承创新发展，开辟一条以中医药为主体，民族医药、国际化教育为特色的内涵发展之路，全面提高学校人才培养质量，全面提升在云南经济社会发展中的贡献度，全面扩大在高等中医药教育中的影响力，奋力迈进西部高等中医药院校先进行列。大会选举丁中涛、祁苑红、李正良、杨盼、杨鹤清、邱勇、张云富、陈颖、陈祖琨、俞捷、徐莉娅、黄孝平、温伟波（以姓氏笔画为序）担任学校第一届党委委员；选举张颖、张熙、陈颖、陈文斌、欧阳继林、侯玲、戴振杰担任学校第一届纪委委员。

　　2023年，顺利完成首次博士研究生“申请－考核制”招生改革。

　　2023年4月，学校组建临床实践教学基地联盟，97家临床实践教学基地单位成为首批联盟成员。

　　2023年9月，云南中医药大学教育基金会获上级部门批准；教育基金会成立大会同年11月17日举行。

　　2024年7月，由我校丁中涛校长为团长、我校专家为主体的云南省专家人才产业服务团与云南白药集团签约，共谱生物医药产业创新发展新篇章。

　　2024年10月，我校获中医博士专业学位授权点与中药学一级学科博士学位授权点。

　　2024年10月，学校接受本科教育教学审核评估。