药学系是由其前身、始办于1945年的药剂专业发展而来，药学专业是安庆医药高等专科学校开设最早的专业之一，开创全省药学教育之先河。在六十五年的教学实践中，学校始终重视技能型、实用型人才的培养，为社会输送了大批优秀的药学方面的技术人才。药学系是安庆医药高等专科学校重点建设的特色系部。
药学系目前开设有药学、药品经营与管理、药物制剂技术、生物制药技术、药物分析技术和中药等6个专业，就业去向主要为医院、医药公司、药品零售企业、制药企业、药品监督检验机构、科研院所等单位，目前安庆医药高等专科学校全日制在校学生近2000人。
药学系下设药剂、药理、天然药物、化学4个教研室及1个实验实训中心；师资力量雄厚，拥有一支教学经验丰富的“双师型”素质的教学团队，目前现有专任教师36名，其中副教授10人，高级实验师2名，国内访问学者1名，安徽省优秀教师1名，校级优秀教师3名，具有硕士研究生学历12人。专任教师中有2人取得执业药师证，1人取得制剂工艺资格证，2人取得药品检验资格证，2人有工程师资格证，4人取得执业医师证。2位教师被聘为安庆市预防接种异常反应调查诊断专家组成员；1位教师被聘为安庆市科技局药学类专家组成员。同时安庆医药高等专科学校还聘请了多名总工程师、总经理、药剂科主任或主任药师等作为兼职教师。为了系部建设的需要，安庆医药高等专科学校还将在现有师资的基础上，继续引进高素质的优秀人才，进一步提升教学和科研水平。
实验实训中心拥有28个专业实验室，配备有多台先进的高精密仪器设备，主要有高效液相色谱仪、红外光谱仪、紫外分光光度计、气相色谱仪、原子吸收光谱仪、全自动旋光仪、激光注射剂微粒分析仪、口服液灌装机、旋转式压片机、全自动胶囊充填机、速控全自动制丸机、多功能净化操作台、电子分析天平等。能开展多种药物剂型的制备，天然药物有效成份提取与分离，化学药物的合成、药物有效成份的分析检验等实验实训教学活动。
教会学生做事，拓宽学生视野，提高学生就业能力，是安庆医药高等专科学校开展专业建设、课程改革、教材建设的目标。通过多年的努力和探索，培养的大批药学毕业生输送到全省各地的药学界，形成了特色鲜明的药学技能人才培养基地。
近年来，药学系不断加大教学改革力度，大力提高教学质量，主动适应社会需求，切实强化实践性教学环节，已与本省及全国（如北京、上海、广东、江浙等地）众多制药企业、医药公司及医院建立了长期的合作关系，为教学及学生实习、就业提供了广阔的平台。安庆医药高等专科学校2008届、2009届、2010届的毕业生就业率为别在98%、99%以上。毕业生以综合素质高、实践能力强受到了用人单位的一致好评。
