吉林农业工程职业技术学院食品工程系始建于2006年，现开设食品营养与检测、食品贮运与营销两个专业，其中食品营养与检测专业是吉林农业工程职业技术学院特色专业。
食品工程系现有专兼职教师20人，其中教授1人、副教授11人、讲师4人、高级实验师1人，具有硕士学位教师6人，双师型教师19人，专业带头人2人，骨干教师4人。该系师资队伍结构合理、学术思想活跃，创新意识强，是一支以高学历、高职称、双师型为主体的教师队伍，为食品工程系的进一步发展奠定了良好的基础。食品工程系教师在教学之余从事科研工作，取得了丰硕的成果，近两年在国内外学术刊物上发表论文30余篇，出版专著和教材（主编或参编）6部，在研课题3项，已结课题4项，获得国家专利4项。
食品工程系现有食品分析实训室、食品微生物检测实训室、畜产品加工实训室、软饮料加工技术实训室、食品卫生检验实训室等5个专业实验室，面积为680平方米，拥有气相色谱仪、紫外分光光度计、真空脱气机、高压均质机、真空冷冻干燥机、微电脑烤炉、不锈钢冷柜、立式和面机、醒发箱、全自动凯氏定氮仪、脂肪测定仪、自动电热压力蒸汽灭菌器、恒温生化培养箱、电子生物显微镜等先进仪器，教学科研设备投资达100余万元，能很好地满足食品类专业相关课程实践教学的需要。食品工程系与辽宁声旺食品有限公司、吉林汇源饮品有限公司、宏宝来饮品有限公司、中央储备粮四平平东直属库等单位，建立了紧密的产学研合作关系，成为该系重要的教学、科研、生产实习基地，毕业生就业率一直保持在98%以上。
食品工程系素以注重学生动手能力与综合素质的培养而著称，以“创一流系风，育一流人才”为目标，根据食品现代化生产水平的需要，强化实践教学环节，注重创新能力和合作精神的培养，全面提高学生的综合素质。
