湖南生物机电职业技术学院机械及自动化系有全日制在校大学生2800余人，是学院规模最大的系部。有专、兼职教师75人，其中教授、副教授、高级工程师25人，硕士以上学位教师21人；湖南省“十一五”重点建设项目—省级专业带头人2人，湖南省青年骨干教师1人；高级技师3人，技师12人，国家职业技能鉴定中、高级考评员32人；“双师型”教师占全系教师总数的85%。
开设的专业有：模具设计与制造、机电设备维修与管理、数控技术、机械制造与自动化、工业设计、汽车检测与维修技术、汽车技术服务与营销和农业机械应用技术等八个专业。其中模具设计与制造专业为省级精品专业；省级教学团队；湖南省企业高技能人才培训中心；湖南省职业技能鉴定模具设计与制造专业专家委员会秘书处；汽车检测与维修专业是国家技能型紧缺人才培养专业；以上各专业为中国人民解放军直招士官定点专业。
本系拥有数控加工、数控编程、数控原理、逆向工程（快速成型和3D测量）、模具设计、冷冲模拆装、注塑模拆装、环形柔性自动生产线、机械加工、钳工和汽车修理等十大实训中心；有价值2000万元的机械及自动化系属学生实习工厂，其中有投入600万元的数控加工实训中心，包括数控加工中心机床、数控铣、数控车、电火花、线切割机床；以及普通车、刨、铣、焊、冲床。是机械及自动化系机械类各专业的重要实训基地，也是湖南省高职学院中设备最齐全、规模最大的生产性实训基地。此外，学院与深圳百通通讯有限公司签订了校企合作协议，由公司投入700万元在学院内建设机电类生产性实训基地（目前项目建设正在施工中）；模具设计中心有价值200万元的两套正版三维造型设计软件和300台高配置模具设计专用计算机；环形柔性自动生产线是目前湖南省高职院校唯一拥有者。
本系坚持校企合作办学，采用“订单式”培养模式，与省内、外50多家技术先进的大型企业（外资企业占90%以上）签订了“校企合作协议”。系、企双方一道制订培养计划，共同承担教学任务，按照企业对员工的要求进行管理，毕业后直接到企业实习和就业。如台达集团中达电子（江苏）有限公司和三一集团有限公司每年在机械及自动化系组建2个“台达机械专业班”和2个“三一班”；台湾神达集团汉达精密电子科技（顺德）有限公司、日本艾比模具设计有限公司和北汽福田等10余家大型企业每年均与机械及自动化系组建相应的“订单式”培养班级。机械及自动化系学生在毕业前，均在校企合作企业实习基地进行为期半年的顶岗实习，并在企业完成毕业论文或毕业设计。97%的学生由于实习期间表现出色而被企业留用直接就业。2005年7月4日中国机电商报以《“订单教育”创新高职教育模式》对机械及自动化系办学特色作了专题报道。
湖南生物机电职业技术学院设有省劳动厅职业技能鉴定所，为提高学生技能，拓宽就业渠道。机械及自动化系要求各专业毕业生具有“多证”，即毕业证和技能等级证。学院已开通的技能等级证有：钳工中、高级证；CAD中、高级绘图员证；PRO/E、UG三维软件设计证；数控车和数控铣床中、高级操作员证；汽车修理中、高级等证书；模具设计师中、高级证；电工中级证。根据各专业的教学要求，每个专业毕业生都要求具有2-3个技能等级证书。机械及自动化系已毕业的各专业毕业生“双证”率达98%以上。由于加强了学生的技能训练，使毕业生综合能力名列全省高职学院的前列。2004年由省劳动厅主办的全省首届大学生机械制图技能大赛，机械及自动化系学生代表学院参赛，获得前10名的6个名次，并获团体总分第一名。
机械及自动化系模具专业学生分别于2005年和2007年参加湖南省第一和第二届模具设计技能大赛，两度均获得全省团体和个人第一名；2008年模具专业学生参加湖南省职业院校“塑料模具CAD与主要零件加工”项目竞赛获二等奖；2010年湖南省职业院校春季技能竞赛中，石云、王宾、杨军成、童超、张哲远、刘长鑫参加“3D零部件测量与制造”项目竞赛获二等奖，刘少云、杨超、郭伟参加“汽车维修与故障排除”项目竞赛获二等奖。2010年全国职业院校技能大赛农业技能大赛农机具修理项目比赛中，汽车检测与维修专业学生蒋新德获得第一名。石云、王宾、杨军成参加2010年全国职业院校技能竞赛“3D零部件测量与制造”项目获三等奖。
本系与湖南农业大学工学院和长沙理工大学合作办学，开设了“模具设计与制造”和“数控加工技术”短线自考全日制助学本科班，学生在读大专的同时，可读该班，即在专科毕业的同时，可以拿到本科文凭和学士学位。
