根据教育部办公厅《关于公布卓越工程师教育培养计划第三批学科专业名单的通知》（教高厅函〔2013〕38号）精神，集美大学航海技术和轮机工程两个专业获批为教育部卓越工程师教育培养计划专业。

“卓越工程师教育培养计划”是教育部为贯彻党的十七大提出的走中国特色新型工业化道路、建设创新型国家、建设人力资源强国等战略部署，实施《国家中长期教育改革和发展规划纲要（2010-2020年）》的高等教育重大改革计划。集美大学2011年开始启动和实施“卓越工程师教育培养计划”，在人才培养、学科建设、工程实践等方面进行了深入探索和尝试。学校领导层高度重视“卓越计划”工作，将其作为学校“以人才培养为根本，提高教育教学质量”着力抓好的“三大工程”之一列入《集美大学“十二五”发展规划》。学校将以“卓越计划”实施为契机，通过强化校企联合培养、加强实践教学平台建设、优化课程体系、改革教学手段和方法、完善制度体系建设等措施，在积极探索工程教育专业人才培养模式改革的过程中，不断提高集美大学工程教育人才培养质量，从而更好地为国家战略和行业区域经济建设服务。