2013年12月26日至2014年1月3日，应台湾南开科技大学及中国科技大学邀请，新疆大学科学技术学院副院长马卫平、办公室科员姜琳琳2人赴台进行了为期8天的访问交流。2012年8月，学院分别与台湾南开科技大学、台湾中国科技大学签订了3年合作协议。2013年9月，学院选派了13名优秀学生赴台湾两所高校进行一学期短期研修。
此次赴台访问交流，学院副院长马卫平与南开科技大学校长孙台平、中国科技大学副校长廖宪文探讨了进一步扩展合作领域的可能性，台湾两所高校纷纷表示，新疆大学科学技术学院与台湾的两所高校在教学与专业设置方面既有共同性，又有互补性，并就新疆大学科学技术学院今后选派学生赴台学习生活、文化理念、双向学位等事宜进行了深入地交流，为两岸高校合作发展起到了积极的推动作用。
