农业科学系是信阳农林学院历史最悠久的学院之一，已有101年的历史，前身是始建于清末的汝宁府中等实业学堂农科，2002年更名为农业科学系。现设植物保护1个本科专业和作物生产技术、种子生产与经营、中草药栽培技术、药用植物栽培与加工5个专科专业，另有植物保护专业（农药技术）方向。
现有教职工52人，其中教授6人，副教授19人，博士3人，硕士24人；享受国务院政府特殊津贴1人，省管优秀专家1人，省优秀教师1人，省教育厅学术技术带头人2人，省教育系统师德教育先进个人1人，信阳市劳动模范（先进工作者）1人，信阳市五一劳动奖章获得者1人。并聘请了中科院遗传研究所博士生导师、国家“973”项目首席科学家王道文教授等3位专家为客座教授。
拥有作物栽培、遗传育种、植物保护、土壤肥料、药用植物等5个教研室；设有土壤肥料、遗传育种、作物栽培、种子检验、农业昆虫、植物病理、药用植物等14个实验室和2个标本室（昆虫标本室、植物病理标本室）。并建立了36处校内外实习实训基地，其中植物保护专业实训基地于2009年被批准为省高等职业教育示范性实训基地建设项目。同时，植物保护专业和种子生产与经营专业被评为省高等学校特色专业建设点。设有水稻研究所、信阳市无公害植物保护工程技术研究中心，与信阳市农业局共建了信阳市农产品质量安全检验检测实验室。
教师在教书育人的同时，积极开展科学研究与技术推广服务，取得了显著地成绩。先后承担教育部教改项目3项、省级教改项目3项，省级精品课程2门，分别是《茶树病虫害防治技术》和《种子生产技术》。获省级教学成果奖一等奖1项、二等奖3项，并获得省高教工委、教育厅“五好基层党组织”的荣誉称号。并承担省科技厅科技攻关项目18项、省级科普项目、扶贫项目30余项，获省科技进步奖二等奖3项、三等奖8项。至今，发表论文345篇，出版论著30余部。
学生社团活动丰富多彩，为学生的学习成长创造了良好的条件。并成立植物保护协会、种子协会、药用植物协会、昆虫爱好者协会及智能新时代社团。
农业科学系师生牢记“志向立高远，学问做精细”的校训，注重学生综合素质和实际工作能力的培养，注重教学、实验、实习、实训等教学环节的管理，注重校企合作的共建共赢，学生就业率一直保持95%以上。
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