四川医科大学基础医学院前身是始建于1978年的基础医学教学部，并2002年11月正式更名为基础医学院，2008年11月生物医学工程系并入基础医学院，2012年9月少数民族定向医学生办公室成立，归入基础医学院。目前，临床医学、临床卓越医师、临床定向（本科）、麻醉学、检验技术、医学影像专业前两年半学生管理权限归基础医学院。基础医学院是集教学、科研、学科与专业建设、实验室建设、人才培养、党的建设和学生管理等功能为一体的综合性二级院系。
现有办公室、教务科、研究生科、学生科4个职能科室和8个学生工作办公室。有12个教研室（生理学、人体解剖学、生物与遗传学、生物化学、组织胚胎学、病理生理学、免疫学、病原生物学、化学、数学与信息技术、物理与电子技术、医学工程技术等）；1个省级医学基础实验教学中心（由形态学实验室、机能学实验室、病原生物学与免疫学实验室、人体解剖学实验室、生物化学与分子生物学实验室、医学化学实验室等6个实验教学平台组成）；1个省级虚拟仿真实验教学中心；1个医学科研试验中心（由肾功能保护研究室、法医与分子病理学实验室及化学分析实验室等8个研究室组成）；3个专业实验室（大学物理、医学信号处理、电子技术等）和1个计算机中心。
基础医学院拥有一支年龄、学历、职称结构较为合理的专业技术人员队伍。现有教职工207人，其中专任教师149人，实验技术人员41人，行政管理人员5人，学生辅导员12人；正高级职称26人，副高级职称59人；在岗博士20人，硕士126人，出国留学人员13人，硕士研究生导师43人。有四川省学术与技术带头人3人，四川省学术与技术带头人后备人员6人；享受政府津贴者4人；全国优秀教师2人；省级教学名师2人， 省级优秀教师1人，校级教学名师3人，校级骨干教师15人；省劳模1人，市劳模1人；市级以上先进工作者16人。
基础医学院拥有省级重点学科2个，校级4个，院级3个；省级精品课程6门，院级12门；省级优秀教学团队1个，院级4个。一级学科硕士学位授权点1个，二级学科硕士学位授权点5个。基础医学院承担临床、口腔、麻醉、中西医结合、护理、药学、生物医学工程、人文社科、外语等各专业和研究生、留学生、本科生、成人教育各层次医学基础课程以及生物医学工程专业课程教学任务，开设课程150余门。
近三年来科研方面取得丰硕成果：获准科研立项192项，获科研经费1000余万元，其中国家自然科学基金项目资助3项、省部级34项，厅局级101项；获各级科研成果4项；发表论文473篇，其中SCI收录49篇，中文核心期刊164篇。
基础医学院高度重视学生管理工作，学生人数分上下年达到3800到5600余人，学生管理辅导员队伍学历层次均为硕士，学生管理经验丰富，作为拥有临床医学大专业院系，开创了校内许多文化品牌活动。每个临床医学年级分两个年办进行管理，每个年办均在学生第一年进校便为学生量身打造“五年成长规划”，围绕成长规划开展丰富多彩的校园文化及学风建设活动，从早期的职业规划入手大力培养学生的综合素质和职业核心竞争力。基础医学院分团委也以“博雅文化”为主题开展系列校园活动，在学生中传扬“博识天下 雅致人生”的文化理念，并在2013年获四川省五四红旗团委，泸州医学院五四红旗团组织，基础医学院辅导员队伍每年均被评为学生工作先进集体。2013年基础医学院选送6名优秀学生代表泸州医学院参加四川省首届基础医学实验技能大赛获一等奖的好成绩。
基础医学院注重扩大国内外交流与合作，近年来先后有13人出国学习深造，聘请了四川大学专家步宏、王树人等为兼职教授，长期邀请国内外专家学者来院讲学交流。
基础医学院坚持以教学为中心，以育人为根本，以人才队伍建设为核心，以学科专业建设为龙头，以学生管理为重心，以学生综合素质提高为最终落脚点，全面提高教学、科研、人才培养水平。
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