大庆医学高等专科学校的前身大庆石油管理局卫生学校建于1965年，大庆职工医学院于1985年在卫生学校基础上成立。2002年8月，学校开始在大庆职工医学院（大庆石油管理局卫生学校）基础上申办大庆医学高等专科学校，2006年2月经国家教育部批准成立，成为黑龙江省一所独立设置的医学高等专科学校。