石河子大学是国家“211工程”重点建设高校、国家西部重点建设高校和省部共建高校，是“中西部高校基础能力建设工程”和“中西部高校综合实力提升工程”（一省一校）入选高校。2017年学校入选国家“双一流”建设一流学科建设高校，2018年入选“部省合建”高校，纳入教育部直属高校排序。 

学校前身诞生于1949年9月中国人民解放军解放新疆的进军途中，1996年4月由农业部部属的石河子农学院、石河子医学院、兵团师范专科学校和兵团经济专科学校合并组建。