重庆中医药学院前身为1951年西南军政委员会卫生部创办的重庆中医进修学校，曾先后更名为四川省重庆中医学校、重庆市中医学校。
2001年重庆市中医学校整体并入重庆医科大学，组建了重庆医科大学中医药学院。2023年以重庆医科大学中医药学院为主要办学基础，充分整合重庆市中医院、重庆市中药研究院、重庆市药物种植研究所等全市中医药教学科研优质资源组建重庆中医药学院，于6月6日经教育部批准成功设置，6月30日揭牌，同年9月2日招生办学。
