畜牧系是山东畜牧兽医职业学院学院的重点系之一，设有“畜牧兽医”、“畜牧”、“养禽与禽病防治”等3个专业（专业方向），其中畜牧兽医专业为省级特色专业，养禽与禽病防治专业为学院“2 1”教学模式改革的试点专业。畜牧系师资力量雄厚，现有专职教师37人，其中具有高级以上职称的教师15人，具有研究生学历或硕士以上学位的28人，具有“双师”素质的教师30人。
畜牧系有遗传繁育教研室、养牛教研室、养羊教研室、养猪教研室、养禽教研室、特种养殖教研室、环境卫生教研室、畜牧学教研室等八个教研室；有“遗传繁育”、“胚胎移植”、“畜禽生产”、“环境卫生”、“繁殖标本”实验室和标本室；有占地1200多亩的集畜牧综合养殖于一体的高科技示范场；有饲料厂、乳品厂、养鸡厂、家禽孵化室、动物饲养处等校内实训基地，有诸城得利斯集团、兖州绿源食品有限公司等校外实习基地40多处，为培养生产需要的高技能人才提供了良好的教学实习条件。
畜牧系现有在校学生3000余人。在教学过程中，始终遵循高等职业教育“以能力为本位，以岗位为目标”的原则，培养面向畜牧兽医生产一线的高技能人才。畜牧系毕业生综合素质高，操作技能强，就业面广，社会需求量大，当年就业率达到98%以上。
