分子生态学： 研究不同生态环境与植物进化的关系；不同生态环境对植物生存机制的影响；无环境污染的转基因植物技术的开发；利用植物基因工程方法修复污染生态环境等。
根际生态学: 研究植物根系与土壤界面在调解和控制生态过程中的作用与机制；根土界面在大气-植被-土壤连同体中的功能；根土互作用对环境变化的响应；根系动态对土壤碳氮转化的影响以及微生物群落的调控；土壤生物区系和生化过程对植物生长的反馈。
环境科学专业 (硕士、博士学位点083001)含区域环境与污染生态、污染防治与环境修复、环境毒理学、环境质量与食品安全四个研究方向。
区域环境与污染生态：研究重点区域土壤风险评价与安全性区划；污染土壤生态修复技术
体系与综合治理；矿山环境修复及伴生资源开发利用；海湾河口沉积物典型重金属环境地球
化学行为；东北老工业基地环境污染特征与时空演变；东北黑土环境安全性及黑土区农业土
壤环境安全基准；辽河流域区域尺度水土环境污染过程与生态建设。
污染防治与环境修复：研究污水处理生物反应器的设计与应用；危险废物的无害化与资源
化利用；河流修复机理及区域尺度设计；污水处理设施长期稳定运行技术；冶金尾液尾渣砷
污染控制；污染土壤的生物及物理化学修复；饮用水安全保障与处理理论及技术。
环境毒理学：研究污染物在淡水生态系统食物链中的积累和转移；不同摄入途径下金属和微量元
素对生物的毒性差别及其分子生物学机制；金属胁迫下水生生物的抗氧化系统和细胞凋亡因子的
应激反应；新型环境污染物药品和个人卫生用品（Pharmaceuticals and Personal Care Products:
PPCPs）的分布和毒性研究。
环境质量与食品安全:以农产品产地环境和食品加工环节为研究对象，开展重金属及有机污染物的
检测方法研究、农产品安全风险评估模型和技术研究、食品及环境安全技术指标和产品及方法标
准研究、食品安全质量控制关键技术研究及企业示范。
土壤学专业(硕士、博士学位点090301）含土壤生物化学与环境土壤学、生物地球化学、土壤生态、土壤植物营养（化学）等四个研究方向。
土壤生物化学与环境土壤学：研究人类活动与土壤环境演化规律之间相互作用关系，研究生物与受人类干预的土壤环境之间相互作用的机理和规律及其调控途径和措施；从全球变化和土壤资源可持续利用的角度出发，以土壤有机碳、氮的生物化学转化和循环过程为核心，重点研究外源有机物料以及土壤有机质的微生物代谢过程。
生物地球化学(biogeochemistry)：主要研究碳、氮等元素在地球的大气圈、土壤圈、生物圈、岩石圈和水圈之间的循环和交换；研究这些物质循环对植物生产力和全球气候变化的影响，特别是二氧化碳的固存和其他元素（如氮、磷、硫等）对其的影响。
土壤生态学：研究土壤生物间、土壤生物与土壤非生命环境间的相互作用；土壤生物群落与土壤内部环境以及外界环境之间的能量流、物质流和信息流；土壤动物与微生物之间的相互作用；土壤生物对全球变化的响应；土壤生物多样性与生态系统功能的关系；土壤健康与农产品安全生产技术体系。
土壤植物营养（化学）：以东北地区主要土壤为对象，研究土壤作为陆地(森林、农田、草地)生态系统乃至整个生物圈的中心环节，在物质循环和能量流动中的独特作用与功能；不同植物种群及其配置对土壤物质和能量的同化量及据此提出优化植物种群配置；仿自然顶极结构的植物种群配置所需的优化土壤条件及其建立的途径与措施；土壤生态系统平衡地位的保持与提高土壤库的结构特征、构成特点；库容和通量、增大库容和通量的途径与措施；土壤生物学活性在评价土壤肥力、促进物质转化、防止土壤污染和提高化肥肥效中的作用及其有关的应用问题等。
森林培育学专业（硕士学位点090702）含天然林培育与管理、次生林生态系统生态过程与经营、防护林营造与经营管理和人工用材林培育等四个研究方向。
天然林培育与管理：研究天然林维持、利用、经营及保护的理论与技术体系；天然林在洪涝灾害防治、生物多样性保护、全球碳平衡等方面的贡献；天然林保护工程综合效益评价；天然林资源可持续经营决策支持系统等。
次生林生态系统生态过程与经营：研究次生林自然干扰过程、结构调控与定向分类；主要类型次生林土壤养分和水分循环；干扰条件下次生林主要建群种生理生态；次生林人为干扰和自然干扰（雪/风灾）后的生物多样性变化；次生林天然更新障碍因子与人工促进天然更新；次生林培育理论与技术；山区森林资源综合利用开发试验示范等。
防护林营造与经营管理：研究防护林优化配置和结构调控；防护林生态系统健康管理理论与技术；防护林近自然更新与低价防护林改造理论与技术；防护林人工生态系统养分循环及其利用效率，森林植被结构组成与水平衡；退化生态生态恢复的生态过程与生态评价。
人工用材林培育：研究用材林为主体的多功能人工林生态经营技术；人工林生态系统结构、功能及生态过程；人工林长期生产力的形成机制；单一树种组成对林地土壤结构、功能和生态过程的影响；人工林土壤有机C、N积累与转化过程等。
