近年来，河海大学积极推动人才培养机制改革，注重理论教学、实践教学与科学研究三元结合，充分利用校内外资源培养创新人才，倡导以学生为主体的创新性实践活动改革，通过本硕博联动培养，加大本科生和研究生之间的交流，通过创新性科学研究和团队合作的训练，加强学生知识专业化和创新思维、创新精神、创新能力的培养，努力形成寓教于研的创新人才培养模式。

学校自2010年起开始实施博士生、优秀硕士生指导本科生科研创新培养活动，即“本硕博联动创新训练计划”，以结对子、共学习、同研究等方式组建各类学术研究团队，为高水平特色研究型大学培养拔尖创新人才进行了探索和实践。以水电学院为例，该学院本硕博联动创新计划启动5期以来，学生参与人数300余人，共发表论文70余篇、专利20余项，在各类学科竞赛中获5项国家级奖项和17项省级奖项，参与活动的本科生都申请到了国家级或省级创新训练计划，超过60%的本科生获得免试攻读硕士学位资格。