国家实验室：

清华信息科学与技术国家实验室?

国家重点实验室：

摩擦学国家重点实验室

电力系统及大型发电设备安全控制和仿真国家重点实验室

微波与数字通信技术国家重点实验室

新型陶瓷与精细工艺国家重点实验室

环境模拟与污染控制联合国家重点实验室(清华分室)

精密测试技术及仪器国家重点实验室

化学工程联合国家重点实验室(萃取分离分室)

集成光电子学联合国家重点实验室(清华大学实验区)

智能技术与系统国家重点实验室

生物膜与膜生物工程国家重点实验室(膜生物物理分室)

汽车安全与节能国家重点实验室

北京（国家）电子显微镜中心

教育部重点实验室：

先进材料教育部重点实验室

破坏力学国家教育部重点室

生命有机磷及化学生物学教育部重点实验室

单原子分子测控教育部重点实验室

量子信息与测量教育部重点实验室

水沙科学教育部重点实验室

传热强化与过程节能教育部重点实验室

生物信息学教育部重点实验室

结构工程与振动教育部重点实验室

先进反应堆工程与安全教育部重点实验室

普适计算机教育部重点实验室

有机光电子及分子工程教育部重点实验室

蛋白质科学教育部重点实验室

先进成形制造教育部重点实验室

国家工程研究中心：

国家计算机集成制造系统(CIMS)工程研究中心

光盘系统及应用技术国家工程研究中心

工业锅炉及民用煤清洁燃烧国家工程研究中心

国家企业信息化应用支撑软件工程技术研究中心

生物芯片北京国家工程研究中心