近几年来，我校积极推进就业制度的改革与创新，与省内外用人单位建立了广泛的联系，为我校毕业生就业创造了良好的条件。多年来我校本专科毕业生的一次就业率均超过90%，毕业生去向主要为江苏、北京、上海、广州等各地大中城市的医药企事业单位和管理部门。

半个世纪以来，南京中医药大学为新中国高等中医教育培养输送了第一批师资、主持编写了第一套教材和教学大纲，培养并诞生了新中国中医药界最早的学部委员，为新中国现代中医高等教育模式的确立和推广做出了重要贡献，被誉为“中国高等中医教育的摇篮”。